Trương Duy Nhất sinh ngày 31/1/1964 tại Hà Nội, nơi đăng ký hộ khẩu thường trú: số 25 Tống Phước Phổ, phường Hòa Cường Bắc, quận Hải Châu, thành phốĐà Nẵng; con ông Trương Nghề và bà Nguyễn Thị Ngư, sinh ra trong gia đình có 6 chị em, Trương Duy Nhất là con thứ 2.

Từ 1964 đến 1975 ông sống cùng bố mẹ tại Hà Nội. Từ 1975 đến 1983, ông học phổ thông tại tỉnh Quảng Nam. Từ 1983 đến 1987, Trương Duy Nhất học khoa văn của trường Đại học Tổng hợp Huế. Từ 1987 đến 1995, ông là phóng viên của báo Công an tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng. Từ 1995 đến 2011, ông là phóng viên báo Đại Đoàn kết, văn phòng miền Trung.

Trương Duy Nhất kết hôn với bà Cao Thị Xuân Phượng – giảng viên trường Đại học Sư phạm Đà Nẵng, sinh được một con gái là Trương Thục Đoan.